卷一 琼瑶神书天部

宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一

琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二

琼瑶标本运气歌三

琼瑶辨十二经水火分治法四

宋徽宗崇宁皇帝论五

论手足阴阳流注篇六

络脉传注周流不息七

医学源流八（略）

琼瑶真人避瘟毒传染法九

琼瑶真人针灸神针礼斗神咒十（略）

天昰神咒十一（略）

后咒针法揉搓十二（略）

生成数十三

千金不传之秘十四

琼瑶神针书定生死之法千金不传十五

琼瑶真人秘传神针手法心授口诀二十四字十六

赤凤摇头十七

苍龙摆尾十八

搓法（三阳经外络内搓、三阴经内络外搓）十九

琼瑶真人三百六十号总括二十

琼瑶真人十段锦周流气上气下秘诀二十一

琼瑶真人治病手法歌

卷二 琼瑶神书地部

琼瑶真人汗吐下三法

卷三 琼瑶神书人部

琼瑶讲论五脏答问

卷四 附方穴图

十四经穴歌一

十四经穴歌二