1.天人之际（2003年）

2.魏晋时期的个人主义和新道家运动（1985年）

一、汉末社会关系的危机

二、个人的发现

三、儒家向新道家的转变

四、清谈中的个人主义

五、道家个人主义与儒家礼教之间的调解

3.唐宋转型中的思想突破（1994年）

4.田浩《儒家论说和朱熹的优势》序（1992年）

5.重访焦竑的思想世界（书评）（1988年）

一、与过去对话的思想史

二、焦竑生平的若干事实

三、焦竑在历史透视中的融合

四、“考证”无佐证

五、“连续性狂热”

六、结构主义者还原

6.清代儒家智识主义的兴起初论（1975年）

一、问题的提出

二、清代思想史上的汉宋之争

三、宋学的两个概念

四、新儒学：新的分期设想

附录：中国思想史上的智识论和反智论

7.对17世纪中国思想转变的阐释（书评）（1980年）

8.戴震与朱熹传统（1982年）

9.戴震的选择——考证与义理之间（1989年）

10.章学诚对抗戴震——18世纪中国智识挑战与回应的研究（1996年）

一、初晤

二、寻找智识基础

三、“六经皆史”

四、朱与陆：两种智识谱系

11.黄进兴《18世纪中国的哲学、考据学和政治：李绂和清代陆王学派》序（1995年）

12.桐城派（词条）（1986年）

13.孙逸仙的学说与中国传统文化（1989年）

一、孙逸仙思想的来源

二、19世纪中国思想的发展

三、经世学派对孙的思想的影响

四、三民主义的传统遗产

14.商业文化与中国传统——中国历史上商人文化演变研究（1997年）

15.民主、人权与儒家文化（2000年）

16.20世纪中国的激进化（1993年）

一、重新解释与发现

二、激进主义

三、知识的社会学

四、从中心到边缘

五、结论

17.20世纪中国国史概念的变迁（1994年）

18.民主观念和现代中国精英文化的式微（1997年）

19.中国史学思想反思（2002年）

20.在2006年克鲁格奖颁奖仪式上的演讲