第一篇 总论

第1-1章 绪论

第一节 基因组及基因组学概念

一、基因组基本概念

二、基因组学及其技术概述

三、基因组学发展简史

第二节 植物基因组测序历史与特征

一、植物基因组测序历史及其进展

二、植物基因组特征

第三节 植物基因组学展望

一、植物基因组学研究路线图

二、植物基因组学面临的挑战与展望

第1-2章 植物基因组测序与拼装

第一节 基因组概貌调查

一、细胞遗传学分析

二、基因组调查测序与K-mer分析

第二节 植物基因组测序

一、目前主要测序技术

二、植物基因组测序策略

第三节 植物基因组拼接组装

一、基因组拼接

二、染色体水平组装

第1-3章 植物基因组构成

第一节 植物基因组大小与基本结构

一、植物基因组大小

二、植物基因组基本结构

第二节 植物基因组主要构成因子

一、蛋白质编码基因

二、非编码基因

三、重复序列

第1-4章 植物基因组转录

第一节 植物基因组转录概述

一、转录组及其测定

二、基因转录水平分析

三、植物基因组转录调控

第二节 植物基因组转录特征

一、植物转录本构成及其数量

二、蛋白质编码基因转录水平与特征

三、发育和环境胁迫下编码基因转录变化

四、发育和环境胁迫下非编码基因转录变化

第1-5章 植物基因组表观遗传修饰

第一节 植物基因组甲基化

一、DNA甲基化及其测定

二、植物发育与胁迫过程DNA甲基化变化

第二节 植物基因组印记

一、基因组印记概述

二、植物基因组印记研究举例

第1-6章 植物基因组进化

第一节 植物基因组起源与复制

一、植物基因组起源与进化

二、基因组复制

第二节 基因组突变、重组与转座

一、DNA突变与修复

二、同源重组

三、转座

第三节 基因组多倍化

一、基因组片段倍增

二、基因组多倍化方式

三、基因组多倍化后二倍化过程

第四节 其他基因组进化机制

一、横向基因转移

二、B染色体

第1-7章 植物群体基因组

第一节 群体基因组学概述

一、群体基因组变异检测

二、群体基因组进化分析方法

三、基因组选择信号检测方法

四、泛基因组分析

第二节 自然群体基因组特征与自然选择

一、自然群体基因组变异

二、群体起源和进化历史

三、自然选择位点及其特征

第三节 作物群体基因组特征与人工选择

一、人工选择对作物基因组的影响

二、作物群体结构

三、作物基因组人工选择位点

四、遗传渐渗与环境适应

五、作物泛基因组

第1-8章 植物单细胞基因组

第一节 单细胞基因组学概述

一、单细胞及其基因组研究历史

二、单细胞基因组学关键技术

第二节 植物单细胞基因组研究

一、植物单细胞基因组研究案例

二、植物单细胞基因组学展望

第1-9章 植物三维基因组

第一节 三维（3D）基因组学概述

一、三维基因组及其分析技术

二、三维基因组学应用领域

第二节 植物三维基因组研究

一、基于三维构象的植物基因组组装

二、植物基因组三维构象与调控元件特征

第1-10章 植物合成基因组

第一节 合成生物学概述

一、合成生物学概念及其技术

二、植物合成基因组意义与展望

第二节 植物基因组设计与合成

一、植物次生代谢途径人工合成

二、光合途径与高光效植物创制

三、植物底盘基因组

第1-11章 叶绿体基因组

第一节 叶绿体基因组概述

一、叶绿体及其基因组测序进展

二、叶绿体基因组结构与转录

第二节 叶绿体基因组特征与利用

一、叶绿体基因组进化缓慢

二、叶绿体基因组横向转移

三、叶绿体基因组利用

第1-12章 植物线粒体基因组

第一节 植物线粒体基因组概述

一、植物线粒体及其基因组测序进展

二、植物线粒体基因组结构

第二节 植物线粒体基因组特征与利用

一、线粒体基因组大小跨度大

二、动植物线粒体基因组存在明显差异

三、RNA编辑

四、植物线粒体基因组利用

第1-13章 植物功能基因组学

第一节 功能基因定位与关联

一、数量性状基因座定位

二、全基因组关联分析

三、混池分离分析

第二节 突变体创制与分析

一、理化诱变

二、插入突变

第三节 基因功能分析技术

一、基因编辑

二、RNA干扰

三、植物表型组学技术

第1-14章 组学数据育种利用

第一节 组学数据与作物育种

一、作物育种过程及其遗传本质

二、作物组学数据育种利用途径

第二节 作物育种选择的基因组学解析

一、遗传重组率图谱

二、作物遗传传递及其变异

三、杂种优势

第三节 组学相关育种技术

一、基因组选择

二、大数据技术及其育种利用

第1-15章 植物基因组数据资源

第一节 综合性基因组数据资源

一、国际公共基因组数据库

二、植物综合性基因组数据库

第二节 植物转录与修饰相关数据资源

一、植物转录相关数据库

二、植物表观遗传修饰相关数据库

第二篇 各论

第2-1章 拟南芥基因组

第一节 拟南芥基因组概况

一、拟南芥及其系统发生关系

二、基因组测序历史与进展

三、基因组基本构成及其数据库

第二节 拟南芥基因组特征与进化

一、首个植物基因组倍增证据

二、植物模式基因组构成

三、植物自然群体基因组变异

第三节 拟南芥基因组转录与功能

一、拟南芥基因组转录与修饰

二、拟南芥功能基因及其基因组分布

第2-2章 水稻基因组

第一节 水稻基因组概况

一、稻属系统发生关系与基因组大小

二、基因组测序历史与进展

三、基因组基本构成及其数据库

第二节 水稻基因组特征与进化

一、古老多倍体

二、基因组提供籼稻与粳稻驯化起源的证据

三、栽培稻可能发生去驯化过程

第三节 水稻基因组转录与功能

一、基因组转录与修饰

二、重要农艺性状功能基因位点

第2-3章 玉米基因组

第一节 玉米基因组概况

一、玉蜀黍属系统发生及其基因组测序进展

二、基因组基本构成及其数据库

第二节 玉米基因组进化与功能

一、基因组特征与进化

二、基因组转录与功能

第2-4章 小麦基因组

第一节 小麦基因组概况

一、小麦系统发生及其基因组测序情况

二、普通小麦基因组基本构成及其数据库

第二节 小麦基因组进化与功能

一、基因组特征与进化

二、基因组转录与功能

第2-5章 大豆基因组

第一节 大豆基因组概况

一、大豆系统发生及其基因组测序情况

二、基因组基本构成及其数据库

第二节 大豆基因组进化与功能

一、基因组特征与进化

二、基因组转录与功能

第2-6章 棉花基因组

第一节 棉花基因组概况

一、棉属系统发生及其基因组测序进展

二、棉花基因组基本构成及其数据库

第二节 棉花基因组进化与功能

一、基因组特征与进化

二、基因组转录与功能

第2-7章 油菜基因组

第一节 油菜基因组概况

一、油菜基因组大小及其测序进展

二、油菜基因组基本构成及其数据库

第二节 油菜基因组进化与功能

一、甘蓝型油菜基因组特征与进化

二、基因组转录与修饰

三、功能基因基因组关联分析

第2-8章 蔬菜基因组

第一节 蔬菜基因组概述

一、蔬菜主要种类及其基因组测序情况

二、蔬菜基因组特征与进化

第二节 蔬菜基因组功能与利用

一、番茄果实发育相关功能基因

二、蔬菜瓜果风味功能基因

第2-9章 林果花卉基因组

第一节 林果花卉基因组概述

一、主要林果花卉种类及基因组大小

二、林果花卉基因组测序概况

三、林果花卉基因组特征与进化

第二节 林果花卉基因组功能与利用

一、风味和营养形成相关功能基因

二、花卉观赏性状相关基因

三、其他重要性状基因位点鉴定

第2-10章 非维管束植物基因组

第一节 绿藻基因组

一、绿藻基因组概述

二、绿藻基因组特征及其进化

第二节 轮藻基因组

一、轮藻系统发生关系及其基因组

二、陆地植物遗产基因

第三节 苔藓类植物

一、苔类基因组

二、藓类基因组

主要参考文献

附录1 植物基因组测序物种清单

附录2 主要中英文术语释义