第1章 R语言简介

1.1 平台

上篇 R语言

1.2 R语言的发展简史

1.3 R语言和统计学

1.4 运行R语言的环境及安装

1.5 交互式使用R语言

2.1 向量的赋值

2.2 向量的基本运算

第2章 R语言的基本数据结构

2.3 构造向量

2.4 逻辑向量

2.5 字符向量

2.6 复数向量

2.7 获取向量子集和修正向量子集

2.8 常量

第3章 R语言对象

3.1 对象的基本属性

3.2 改变对象的长度

3.3 获取对象的属性

3.4 获取对象类

第4章 分组因子

4.1 分组因子

4.2 聚集计算

4.3 排序

第5章 数组和矩阵

5.1 定义数组

5.2 数组子集操作

5.3 构造数组

5.4 数组计算

5.5 矩阵

5.6 数组矩阵合并

5.7 定义数组的操作

第6章 数据列表和数据单

6.1 数据列表

6.2 构造数据列表

6.3 数据列表操作

6.4 数据单

7.1 高级函数

第7章 导入导出数据

7.2 低级函数

7.3 命令台输入输出以及格式化

7.4 使用R语言内含的数据集

第8章 组合表达式和控制语句

8.1 组合表达式

8.2 控制语句

第9章 函数

9.1 排序的例子

9.3 参数名和参数缺省定义

9.2 定义新的操作符

9.4 ‘…’形式的参数（虚参）

9.5 函数和变量的作用范围

9.6 类、通用函数和面向对象

9.7 调试

9.8 操作符号的优先级

第10章 包

10.1 标准包

10.4 R语言中常用的包

10.3 包命名空间

10.2 扩展包和CRAN

第11章 R语言中的统计

11.1 R语言中的概率分布

11.2 从离散数据集分析概率分布特性

11.3 回归分析

第12章 图形函数

12.1 高级图形命令

12.2 低级图形函数

12.3 与图形进行交互

12.4 利用图形参数

12.5 图形参数列表

12.6 设备驱动

12.7 动态图形

下篇 Bioconductor及其应用

第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理

13.1 Bioconductor简介

13.2 DNA微阵列

13.3 微阵列数据处理与分析

13.4 Bioconductor开发背景

13.5 Bioconductor各种包的分类介绍

第14章 Bioconductor的使用

14.1 Bioconductor的获取和安装

14.2 Bioconductor快速入门

14.3 Bioconductor应用实例

第15章 数据库访问

15.1 Rdbi软件包

15.2 RdbiPgSQL软件包

15.3 SAGElyzer软件包

第16章 图形及用户接口

16.1 widgetTools包

16.2 tkWidgets包

16.3 geneplotter包

16.4 hexbin包

16.5 limmaGUI包

16.6 affylmGUI包

16.7 webbioc包

17.1 graph包

第17章 图结构

17.2 RGBL包

17.3 Rgraphviz包

17.4 SNAData数据包

第18章 通用工具

18.1 reposTools包

18.2 Biobase包

18.3 Biostrings包

18.4 DynDoc包

18.5 Ruuid包

18.6 ctc包

18.7 convert包

18.8 Icens包

18.9 exprExternal和externalVector软件包

第19章 注释

19.1 annotate包

19.2 AnnBuilder包

19.3 Resourcer包

19.4 SNPtools包

19.5 Data packages包

第20章 基因本体学

20.1 goTools包

20.2 ontoTools包

20.3 GOstats包

第21章 微阵列数据预处理

21.1 affy包

21.2 affycomp包

21.3 affydata包

21.4 affypdnn包

21.5 affyPLM包

21.6 gcrma包

21.7 makecdfenv包

21.8 annaffy包

21.9 marray包

21.10 matchprobes包

21.11 vsn包

第22章 数据分析

22.1 daMA包

22.2 edd包

22.3 factDesign包

22.4 genefilter包

22.5 globaltest包

22.6 gpls包

22.7 multtest包

22.8 pamr包

22.9 MeasurementError.eor包

22.10 limma包

22.11 ROC包

22.12 siggenes包

22.13 splicegear包

22.14 RMAGEML包

第23章 微阵列比较基因组杂交

23.1 aCGH包

23.2 DNAcopy包

第24章 蛋白质组学

24.1 PROcess包

24.2 gpls包

24.3 apComplex包

主要参考文献

附录 R语言常用功能一览表