基 础篇

第1章 生物信息学绪论

1.1生物信息学概述

1.2医学生物信息学的主要研究内容

1.3医学生物信息学面临的挑战

第2章 生物信息学数据库

2.1生物信息学数据库简介

2.2基因数据库

2.2.1 GenBank-NCBI核酸序列数据库

2.2.2 DDBJ数据库

2.2.3 EMBL数据库

2.2.4 UniGene数据库

2.3蛋白质数据库

2.3.1 SWISS-PROT蛋白质序列分析数据库

2.3.2 PDB蛋白质结构数据库

2.3.3 SCOP数据库

2.4突变数据库

2.5 UCSC基因组浏览数据库

2.6 OMIM数据库

2.7集成数据库

第3章 核酸同源性序列比对的策略和方法

3.1数据库中的相似性搜索

3.2双序列比对

3.3 BLAST搜索实例

3.3.1 BLAST简介

3.3.2 BLAST的操作步骤

3.4分子进化与系统发生树

3.4.1分子进化

3.4.2系统发生树

3.5下一代测序技术简介

第4章 人类基因组变异数据库及SNP关联分析

4.1 SNP简介

4.2 dbSNP数据库简介

4.3 SNP关联分析

4.3.1 SNP关联分析介绍

4.3.2 plink软件批量实现SNP关联分析

4.4基因与基因互作分析

4.4.1 Logistic回归分析

4.4.2多因子降维法

4.4.3决策树分析

4.4.4 PIA算法构建SNP-SNP互作网络

4.4.5基因与环境互作分析

4.5基于数量性状的SNP互作分析

4.6基于SNP的系统进化树分析

4.6.1 TNF-α-308G／A的系统进化树分析

4.6.2 EPHX His139／Arg的系统进化树分析

4.6.3 TNF-α-308G／A和EPHX His139／Arg联合的系统进化树分析

4.7 GWAS数据分析简介及SNAP网络工具

4.7.1 GWAS数据分析简介

4.7.2 SNAP网络工具

4.8 SNP功能分析的生物信息学方法

4.8.1 SNP功能分析

4.8.2 SNP功能预测分数——SIFT

4.8.3 SNP功能预测分数——PolyPhen-2

第5章 基因表达数据分析

5.1 cDNA芯片平台与数据库

5.1.1 cDNA芯片平台介绍

5.1.2基因芯片数据预处理

5.1.3基因芯片数据处理与分析

5.2 RNA-seq测序技术及数据分析

5.2.1 RNA-seq测序技术

5.2.2基于RNA-seq数据的差异表达基因分析

5.2.3 RNA-seq数据的外显子水平差异分析

5.2.4 RNA-seq数据的可变剪切分析

第6章 基因功能与通路分析技术

6.1基因功能富集分析

6.1.1 GO简介

6.1.2富集分析

6.1.3 DAVID网络工具介绍

6.2通路数据库介绍

6.2.1 KEGG数据库

6.2.2其他通路数据库简介

6.3疾病风险通路筛选

6.4 INVEX软件介绍

6.5随机森林-通路分析法挖掘特征基因

6.5.1随机森林-通路分析法介绍

6.5.2案例分析

6.5.3数值实验结果

第7章miRNA数据分析

7.1 miRNA简介

7.2 miRNA-靶基因靶向关系

7.3 miRNA数据资源

7.3.1 TarBase数据库

7.3.2 miRBase数据库

7.4 miRNA表达谱数据分析

7.5结合SNP和miRNA表达谱探查疾病相关的miRNA

7.6结合基因、疾病、通路和miRNA的ChemiRs网络工具简介

7.6.1按照miRNA名称进行搜索

7.6.2按照基因列表进行搜索

第8章DNA甲基化及表观遗传学数据分析

8.1 DNA甲基化相关知识介绍

8.1.1 CpG岛预测算法

8.1.2 DNA甲基化检测方法

8.2 DNA甲基化区域识别软件——methyAnalysis软件包应用

8.3肿瘤相关的DNA甲基化数据库——MethHC网络工具简介

8.3.1浏览高（低）甲基化基因

8.3.2肿瘤样本的甲基化水平聚类

8.3.3基于基因搜索的DNA甲基化水平分析

8.4 DNA拷贝数变异分析

8.4.1 DNA拷贝数变异的概念

8.4.2 DNA拷贝数变异数据的分析软件——Genovar

第9章 生物分子网络

9.1生物分子网络介绍

9.1.1基因转录调控网络

9.1.2蛋白质互作数据

9.1.3蛋白质互作网络——STRING数据库介绍

9.2网络拓扑性质介绍

9.3拓扑性质分析软件介绍——NEXCADE

9.4 Cytoscape作图软件介绍

9.5 BioNet软件包介绍

第10章 药物基因组学

10.1药物基因组学的概念

10.2药物靶向识别

10.3药物靶向交互的网络资源

10.4基于剂量-效应关系的药物结合作用识别

提 高篇

第11章 生物信息学综合数据分析案例

11.1案例分析1：应用miRNA-mRNA失调关系优化乳腺癌亚型相关的miRNA

11.1.1数据准备

11.1.2数据整合分析方法

11.1.3数值实验结果

11.2案例分析2：多组学数据整合的肿瘤相关性研究

11.2.1数据准备

11.2.2数据整合分析方法

11.2.3数值实验结果

第12章 肿瘤亚型的系统化分析

12.1数据类型

12.2数据的导入和描述性分析

12.3结合miRNA和mRNA表达谱对肿瘤样本进行聚类获得肿瘤亚型

12.4 3种亚型的差异性检验

12.5特征基因选择

12.6整合生存数据分析

第13章 多组学数据的可视化

13.1 TCGA多组学数据的下载

13.2多组学数据的可视化

参考文献