第1章 绪论

1.1 DNA G-四链体简介

1.1.1 小分子配体靶向DNA G-四链体的抗肿瘤作用机制

1.1.2 DNA G-四链体末端堆积配体

1.1.3 DNA G-四链体沟槽结合配体

1.2 药物配体与生物大分子的相互作用及选择性

1.2.1 药物配体与生物大分子的相互作用

1.2.2 药物配体与生物大分子的选择性

1.3 生物大分子计算机模拟方法

1.3.1 生物大分子的构建——同源模建方法及应用

1.3.2 分子对接方法及应用

1.3.3 分子力学和分子动力学原理与应用

参考文献

第2章 配体与平行型DNA G-四链体沟槽相互作用的理论研究

2.1 引言

2.2 Dist-A二聚体与［d（TGGGGT）］4序列G-四链体的动力学模拟

2.3 Dist-A二聚体与［d（GGGGGG）］4序列G-四链体复合物的动力学模拟

2.4 三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质

2.5 基于平行型DNA G-四链体沟槽的药物设计

参考文献

第3章 Dist-A及其衍生物与反平行型DNA G-四链体相互作用的分子动力学研究

3.1 引言

3.2 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的分子对接

3.3 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的动力学模拟

3.3.1 动力学模拟体系

3.3.2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体宽沟槽方向上的动力学行为

3.3.3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体中沟槽方向上的动力学行为

3.3.4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体窄沟槽方向上的动力学行为

3.3.5 配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响

3.3.6 MM GBSA能量分析

参考文献

第4章 类固醇衍生物选择性识别端粒DNA G-四链体／B-DNA的分子动力学研究

4.1 引言

4.2 类固醇衍生物与杂化型端粒DNA G-四链体的分子对接

4.3 SteroidFG与杂化型端粒DNA G-四链体复合物动力学模拟

4.4 Steroid FG与B-DNA复合物动力学模拟

4.5 MM_PBSA能量计算

4.6 基于杂化型端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计

参考文献

第5章 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学研究

5.1 引言

5.2 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子对接

5.2.1 配体的选择

5.2.2 端粒DNA G-四链体的选择

5.2.3 分子对接

5.3 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟

5.3.1 复合物动力学模拟体系及模拟时间

5.3.2 浙贝碱／1NP9（1:1）复合物的动力学模拟

5.3.3 浙贝碱／1NP9（2:1）复合物的动力学模拟

5.3.4 浙贝碱／1KF1复合物的动力学模拟

5.3.5 浙贝碱／143D复合物的动力学模拟

5.3.6 G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响

5.3.7 G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响

5.3.8 浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能

第6章 螺旋烃M与高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟研究

6.1 引言

6.2 螺旋烃M与不同高阶端粒DNA G-四链体的分子对接

6.2.1 螺旋烃M分子结构

6.2.2 分子对接结果

6.3 高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟

6.3.1 二阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟

6.3.2 三阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟

6.4 高阶端粒DNA G-四链体的PCA分析

6.5 高阶端粒DNA G-四链体的均方根涨落值分析

6.6 螺旋烃M对二重复单元端粒DNA G-四链体结构的影响

6.7 螺旋烃M对三重复端粒DNA G-四链体结构的影响

参考文献

第7章 RNA适配子与NF-kB P50相互作用的分子动力学模拟研究

7.1 引言

7.2 29-nt RNA/P50复合物的分子动力学模拟

7.2.1 29-nt RNA/P50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性

7.2.2 复合物结构的波动性

7.2.3 RNA和P50的静电势

7.2.4 29-nt RNA与P50相互作用位点

7.2.5 P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性

7.2.6 P50单体结构的波动性

7.2.7 29-nt RNA/P50复合物体系自由能

7.3 自由29-nt RNA的构象动力学模拟

7.3.1 自由29-nt RNA分子动力学模拟的轨迹稳定性

7.3.2 自由29-nt RNA结构的波动性

7.3.3 自由29-nt RNA分子动力学模拟构象

7.3.4 自由29-nt RNA螺旋参数

7.4 突变RNA的构象动力学模拟

7.4.1 突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性

7.4.2 突变RNA结构的波动性

7.4.3 突变RNA螺旋参数

7.4.4 自由29-nt RNA和突变RNA的自由能

参考文献