第一部分 R You Ready？

第1章 大视角看R

认识R的优势

免费且开源

可在任何环境下运行

支持扩展

拥有一个活跃的社区

与其他语言紧密连接

R的独特之处

使用向量同时进行多项计算

不止是统计

无需编译直接运行

第2章 R初探

使用代码编辑器

探索RGui

装备RStudio

开启第一个R会话

Hello World！

简单的数学

使用向量

存储并进行数值计算

与用户对话

Sourcing a Script

探索Workspace

操作Workspace的内容

保存工作成果

提取之前的工作

第3章 R基础

充分利用函数的强大功能

向量函数

将参数传入函数

历史记录

保持代码的可读性

遵守命名约定

更好地组织代码

添加注释

基础R功能的扩展

查找扩展包

安装扩展包

载入和卸载扩展包

第二部分 开始使用R

第4章 基本算术

数值、无限大与缺失值

执行基本的运算

使用数学函数

计算向量整体的值

超越无穷

使用向量组织数据

探索向量属性

创建向量

连接向量

重复向量

向量值的存取

理解R的索引

从向量中提取数值

修改向量中的值

使用逻辑向量

值的比较

将逻辑向量用作索引

逻辑表达式的组合

逻辑向量小结

使用向量函数增强数学计算

使用向量的数学运算

参数回收

第5章 开始读写

使用字符向量表示文本数据

为字符向量赋值

创建包含多个元素的字符向量

获取向量的子集

为向量中的值命名

操作文本

字符串理论：连接和分离

文本排序

查找文本中包含的内容

文本替换

使用正则表达式

使用因子进行分类

创建因子

转换因子

关于levels

数据类型的判别

使用有序因子

第6章 与R的“约会”

使用日期

用不同格式表示日期

添加时间

格式化日期和时间

执行日期时间操作

日期时间的加减

日期的比较

提取日期元素

第7章 学习处理高维数据

添加第二个维度

探索新的维度

将向量组合成矩阵

使用索引

提取矩阵元素的值

修改矩阵中的值

为矩阵行列命名

修改行和列的名称

将名称作为索引

矩阵的计算

矩阵的基本运算

行列求和

矩阵运算

添加更多维度

创建数组

使用维度来提取数据

用数据帧组合不同类型的值

由矩阵创建数据帧

从零创建数据帧

命名变量和观测

操作数据帧中的值

提取变量、观测和元素值

向数据帧添加观测

向数据帧添加变量

将不同类型的对象组合到列表中

创建一个列表

提取列表中的元素

修改列表中的元素

理解列表的str（）输出结果

几个原则

第三部分 在R中编程

第8章 函数的乐趣

从脚本到函数

编写脚本

转换脚本

使用函数

简化代码

巧妙地使用参数

添加更多的参数

“三点”参数的魔力

将函数作为参数

处理作用域

越界

使用内部函数

方法分配

隐藏在函数背后的“方法”

实现自己的通用函数

第9章 控制逻辑流

使用if表达式进行判断选择

使用if...else表达式实现另一种选择

判断选择的向量化

分析问题

根据逻辑向量进行判断

多重选择

嵌套if...else表达式

用switch处理多种选择

循环遍历

构造一个for循环

在for循环中进行计算

无循环的循环：认识apply家族

apply家族的特性

先认识3个家族成员

针对行列使用apply函数

将函数应用到与列表类似的对象上

第10章 调试代码

应该关注什么

阅读错误和警告信息

阅读错误消息

警告消息的处理

开始“捕虫”

logit几率的计算

判断错误的产生

检查函数内部

自定义消息

创建错误

创建警告

一些常见的错误

数据从一开始就是错的

数据格式错误

第11章 获取帮助

在R帮助文件中检索信息

知道要查找什么

不知道要查找什么

使用R查找在线资料

加入R社区

使用R邮件列表

在Stack Overflow和Stack Exchange上讨论R

在Twitter上讨论R

实现最小可复现示例

使用随机值创建样本数据

最小化代码

提供必要的信息

第四部分 让数据说话

第12章 R的数据输入输出

使用R获取数据

在R文本编辑器中输入数据

使用剪贴板复制粘贴

从CSV读取数据

从Excel读取数据

处理其他数据类型

R中的数据导出

使用文件和文件夹

理解工作目录

操作文件

第13章 操作和处理数据

确定最合适的数据结构

提取数据子集

理解3种子集操作符

理解取子集的5种方法

提取数据帧的子集

在数据中添加计算域

数据帧的列运算

使用with和within提升代码可读性

对数据进行分组

数据集的组合与合并

创建示例数据

使用merge（）函数

使用查询表

数据排序

对向量进行排序

对数据帧进行排序

使用apply函数遍历数据

使用apply（）函数汇总数组

使用lapply（）和sapply（）遍历列表或数据帧

使用tapply（）创建表格型汇总数据

了解公式接口

规范数据的格式

理解数据的长格式和宽格式

初识reshape2包

将数据转换成长格式

将数据“重铸”成宽格式

第14章 数据汇总

从正确的数据开始

使用因子或数值

唯一值计数

准备数据

描述连续变量

数据的中心

描述变化性

计算分位数

描述分类

出现计数

计算占比

查找中心

描述分布

绘制直方图

使用频率和密度

描述多个变量

完整数据集的汇总

绘制子集的分位数

记录相关性

使用表格

创建双向表

将表格转换为数据帧

边际与占比

第15章 偏差和关系测试

近距离看分布

观察海狸

正态分布的图形检验

使用分位图

使用更正式的方法检验正态性

比较两个样本

差异检验

比较成对数据

检验计数和占比

检查占比

分析表格

提取检验结果

使用模型

方差分析

计算差异

线性关系建模

线性模型估计

预测新值

第五部分 绘制数据图

第16章 使用基本图形

创建不同类型的数据图

数据图概览

向数据图添加点和线

各种类型的数据图

控制数据图选项和参数

添加标题和坐标轴标签

修改数据图选项

在单页中绘制多个数据图

将数据图保存成图片文件

第17章 使用lattice绘制切片图

绘制一张lattice数据图

载入lattice包

绘制lattice散点图

添加趋势线

修改数据图选项

添加标题和标签

调整标题和标签的字号

使用主题修改数据图选项

绘制不同类型的数据图

绘制柱状图

绘制箱型图

绘制分组数据

使用高格式数据

绘制分组数据

添加图例

打印和保存lattice数据图

将lattice图赋予一个对象

在脚本中打印lattice数据图

将lattice数据图保存成文件

第18章 使用ggplot2图形

安装并加载ggplot2

认识层

使用geom和stat

定义数据

将数据映射到可视元素

获取geom

了解stat

添加切片、尺度和选项

添加切片

修改选项

获取更多信息

第六部分 20条有用的建议

第19章 用R不用Excel的10种情况

添加行和列总和

格式化数据

数据排序

使用if进行选择

计算条件总和

调换行和列

查找唯一或重复值

使用检索表

使用数据透视表

使用单变量求解

第20章 关于扩展包的10条经验

简单了解CRAN

查找有趣的包

安装包

载入包

阅读包手册和文档

更新包

卸载包

使用R-Forge

从BioConductor上安装包

阅读R手册

附录 安装R和RStudio

安装并配置R

安装R

配置R

安装和配置RStudio

安装RStudio

配置RStudio