第一部分：引言

1 微生物基因组学的历史&Hamilton O.Smith

第二部分：作为基因组学工具的生物信息学

2 寻找基因和全基因组比较的工具&Steven L.Salzberg and Arthur L.Delcher

3 TIGR的细菌基因组注释&Owen White

4 生物信息学与微生物致病作用&Fiona S.L.Brinkman and Joanna L.Fueyo

5 噬菌体生物信息学&Derrick E.Fouts

第三部分：核心功能

6 微生物代谢比较&Karen E.Nelson

7 膜转运蛋白的基因组学分析&Ian T.Paulsen，Katherine H.Kang，Mark E.Hance，and Qinghu Ren

8 用基因组学分析细菌细胞周期&Michael T.Laub，Harley H.McAdams and Lucy Shapiro

第四部分：微生物基因组的进化

9 原核生物的进化及分类简史&Lorraine Olendzenski，Olga Zhaxybayeva and J.Peter Gogarten

10 细菌基因组如何变化&Timothy D.Read and Garry S.A.Myers

11 基因组学时代的细菌生物多样性概念&Frederick M.Cohan

12 病原菌和共生菌与寄主的协同进化&Robert A.Feldman

第五部分：微生物基因组的调查

13 植物病原菌基因组调查&C.Robin Buell

14 不产氧光合细菌&F.Robert Tabita and Thomas E.Hanson

15 嗜热微生物基因组&Frank T.Robb

16 病原肠细菌基因组&Julian Parkhill and Nicholas R.Thomson

17 专性细胞内病原体&Siv G.E.Andersson

18 低G＋C含量革兰氏阳性细菌基因组&Steven R.Gill

19 放线菌（G＋，高G＋C含量）基因组学&Stephen D.Bentley，Roland Brosch，Stephen V.Gordon，David A.Hopwood，and Stewart T.Cole

20 寄生虫基因组学&Malcolm J.Gardner

21 极端嗜盐古生菌基因组分析&Shiladitya DasSarma

第六部分：基因组数据库的应用

22 微阵列表达分析和细菌基因组&Carsten Rosenow and Brian Tjaden

23 微生物种群基因组学与生态学&Edward F.DeLong

24 基因组学在生物催化和生物降解中的应用&Lawrence P.Wackett

25 酶的发现与微生物基因组学&Robert M Kelly and Keith R Shockley

26 基因组学在药物发现过程中的整合&Jacques Ravel

27 基因组法开发疫苗&Rino Rappuoli，Vega Masignani，Mariagrazia Pizza，Guido Grandi and John L.Telford

28 微生物蛋白质组学&Svend Birkelund，Brian B.Vandahl，Allan C.Shaw and Gunna Christiansen

索引