第1编 系统药理学理论和技术

第1章 系统药理学简介

1.1 引言

1.2 系统药理学的概念

1.3 系统药理学的研究框架

1.4 系统药理学的主要任务

1.5 系统药理学和中医药

参考文献

第2章 中药系统药理学

2.1 引言

2.2 系统生物学的概念

2.3 中药ADME／T：分子水平

2.4 网络药理学：网络水平

2.5 时-空多尺度动力学：细胞组织水平

2.6 中药PBPK：器官整体水平

2.7 中药系统药理学的研究框架

2.8 中药“虚拟人”系统

2.8.1 模拟药物体内过程和作用机制

2.8.2 构建中药“虚拟人”的方法

参考文献

第3章 系统ADME

3.1 引言

3.2 药物ADME过程

3.2.1 吸收

3.2.2 分布

3.2.3 代谢

3.2.4 排泄

3.3 计算ADME

3.3.1 药物口服生物利用度预测

3.3.2 肠吸收模型

3.3.3 血脑屏障预测模型

3.3.4 代谢预测模型

3.4 系统ADME

参考文献

第4章 系统PBPK

4.1 引言

4.2 PBPK的定义

4.3 PBPK的建模方法

4.4 PBPK的适用范围及其他类型

4.4.1 全身药代动力学模型

4.4.2 混合生理药代药效动力学模型

4.5 PBPK和QSAR耦合

4.6 PBPK和系统生物学整合

4.6.1 PBPK和生化网络耦合

4.6.2 PBPK和疾病耦合

参考文献

第5章 系统毒理学

5.1 引言

5.2 系统毒理学的概念

5.3 系统毒理学的主要实验技术

5.3.1 表达谱基因芯片技术

5.3.2 蛋白质组学分析技术

5.3.3 代谢组学分析技术

5.4 系统毒理学的主要数学方法

5.4.1 模式识别方法

5.4.2 网络分析方法

5.4.3 药代动力学模型

5.4.4 统计物理学方法

5.5 系统毒理学的应用

5.5.1 研究毒物系统水平的作用机制

5.5.2 发现毒物生物学标志物

5.5.3 研究毒物混合暴露效应

5.5.4 评价毒物剂量-反应关系

5.5.5 毒物系统性质归类和预测

5.6 小结

参考文献

第6章 药物和靶点互作网络

6.1 引言

6.2 药物-靶点预测方法

6.2.1 基于配体的方法

6.2.2 基于受体的方法

6.2.3 基于化学基因组学的方法

6.2.4 基于药物作用后表型数据的方法

6.2.5 基于药物-靶点网络拓扑学性质的方法

6.3 应用

参考文献

第7章 疾病互作网络

7.1 引言

7.2 疾病网络

7.2.1 基于系统的疾病研究状况

7.2.2 疾病互作网络的提出

7.2.3 疾病互作网络的研究现状

7.3 疾病互作网络的研究方法

7.3.1 疾病互作网络的构建原理

7.3.2 疾病互作网络的数据库

7.3.3 疾病互作网络的构建

7.3.4 疾病互作网络的性质分析

7.4 疾病互作网络的研究意义

参考文献

第8章 系统医学

8.1 引言

8.2 系统医学的概念

8.3 系统医学的研究特点

8.3.1 注重整体分析

8.3.2 开展动力学研究

8.3.3 子系统间相互作用

8.4 系统医学是中西医结合的桥梁

8.5 系统医学的研究方法

8.5.1 利用表面等离子共振成像技术的抗体芯片

8.5.2 DNA编码的抗体数据库

8.5.3 质谱

8.5.4 活体内分子诊断

8.6 系统医学的发展策略

8.6.1 医学信息科学化

8.6.2 系统医学的基础设施

8.6.3 开发新技术

8.7 系统医学的应用

8.7.1 个体化医疗

8.7.2 应对非传染性慢性疾病

8.8 未来展望

参考文献

第2编 系统药理学在中医药上的应用

第9章 中医药基础理论

9.1 引言

9.2 中医药基础理论简介

9.2.1 君臣佐使

9.2.2 药物的配伍：相须

9.2.3 中医气血理论

9.2.4 中药归经理论

9.2.5 中医整体观

9.3 当前研究存在的困难

参考文献

第10章 中药作用机制系统药理学研究

10.1 中药饮片：甘草

10.1.1 引言

10.1.2 研究思路和研究内容

10.1.3 研究结果

10.1.4 结论和展望

10.2 中药口服方剂：复方丹参方

10.2.1 引言

10.2.2 研究思路和研究内容

10.2.3 研究结果

10.2.4 结论和展望

10.3 中药注射液：热毒宁

10.3.1 引言

10.3.2 研究思路和研究内容

10.3.3 抗炎药理学实验验证

10.3.4 研究结果和结论

参考文献

第11章 中药基础理论系统药理学研究

11.1 君臣佐使——麻黄汤

11.1.1 引言

11.1.2 研究思路和研究内容

11.1.3 研究结果

11.1.4 结论和展望

11.2 中医心血管疾病分型

11.2.1 引言

11.2.2 材料和方法

11.2.3 研究结果

11.2.4 结论和展望

11.3 中医气血物质基础

11.3.1 引言

11.3.2 科学假设和课题设计

11.3.3 研究结果

11.3.4 结论和展望

11.4 中医归经物质基础

11.4.1 引言

11.4.2 归经理论的现代研究

11.4.3 基于系统药理学的课题设计

11.4.4 研究结果

11.4.5 结论

参考文献

第12章 基于系统药理学的新药发现和开发

12.1 概述

12.2 药物分子发现

12.2.1 引言

12.2.2 研究思路和研究内容

12.2.3 研究结果

12.2.4 讨论

12.2.5 结论和展望

12.3 新复方开发

12.3.1 引言

12.3.2 研究思路和研究内容

12.3.3 研究结果

12.3.4 讨论和展望

参考文献

第13章 中医整体理论

13.1 引言

13.2 研究思路和研究内容

13.2.1 药物成药性系统分析

13.2.2 药物-靶点互作分析

13.3 研究结果

13.3.1 心脑欣丸活性成分筛选

13.3.2 心脑欣丸药物-靶点相互作用

13.3.3 多通路调控治疗心脑血管疾病

13.3.4 多靶点、多组织、多器官的协同作用

13.4 结论和展望

参考文献

第3编 系统药理学方法

第14章 ADME／T预测

14.1 药物口服生物利用度预测、决策系统

14.1.1 引言

14.1.2 药物口服生物利用度预测的主要数学模型

14.1.3 影响药物口服生物利用度预测精度的主要因素

14.1.4 药物口服生物利用度预测的化学计量学模型

14.1.5 基于系统的口服生物利用度整合预测、决策技术

14.2 大规模系统毒理学预测技术

14.2.1 引言

14.2.2 研究思路和研究内容

参考文献

第15章 大规模药物直接靶点预测和药物重定位技术

15.1 引言

15.2 研究思路和研究内容

15.3 构建数据集

15.4 建立分子描述符矩阵

15.4.1 CDK指纹矩阵

15.4.2 Dragon描述符矩阵

15.5 理论和数学模型

15.6 Z score贝叶斯网络整合

15.7 模型评价

15.7.1 评价方法

15.7.2 与1NN模型比较

15.7.3 外部数据验证

15.7.4 实验验证

15.8 研究结果

15.8.1 特征分析

15.8.2 外部数据验证

15.8.3 靶点分类预测

15.8.4 WES模型对比1NN模型

15.8.5 配体结构骨架跳跃分析

15.8.6 实验验证

15.8.7 讨论和展望

参考文献

第16章 大规模药物组合预测技术

16.1 引言

16.2 研究思路和研究内容

16.3 模型验证

16.3.1 外部数据验证

16.3.2 实验验证

16.3.3 讨论和展望

参考文献

第17章 疾病-疾病关联网络分析方法

17.1 引言

17.2 研究思路和研究内容

17.2.1 构建疾病相关网络数据库

17.2.2 疾病网络的构建

17.2.3 网络理论分析技术

17.3 网络医学认识人类疾病

17.3.1 人类疾病网络

17.3.2 疾病和症状网络

17.3.3 疾病组学网络

17.4 结论

参考文献

第18章 生物系统动力学模拟和分析

18.1 原子-分子水平的多尺度模拟方法

18.1.1 引言

18.1.2 QM／MM方法

18.1.3 粗粒化方法

18.2 系统动力学模拟方法

18.2.1 引言

18.2.2 网络建模方法

18.2.3 案例：PCR动力学模拟和分析

18.2.4 敏感性分析

18.2.5 鲁棒性分析

18.3 系统动力学多尺度模拟方法

18.3.1 引言

18.3.2 生化网络动力学模型

18.3.3 细胞、组织多尺度模型

参考文献

第19章 数据库和软件

19.1 TCMSP——中药系统药理学分析平台

19.1.1 数据库结构

19.1.2 中药化学成分

19.1.3 ADME相关性质

19.1.4 药物靶点和相关疾病

19.1.5 TCMSP的应用

19.2 PreDC——药物组合预测和分析数据库

19.2.1 相关参数

19.2.2 搜索指导

19.2.3 在线预测药物组合

19.3 CVDSP——心血管疾病系统药理学数据库

19.3.1 药物相关信息

19.3.2 靶点相关信息

19.3.3 基因相关信息

19.3.4 疾病相关信息

19.3.5 网络相关信息

19.3.6 附录材料下载

19.4 CancerHSP——系统药理学抗癌中药数据库

参考文献