第一部分Sanger DNA测序

1Sanger DNA测序

1.1Sanger测序的基础

1.2人类基因组计划的未来

1.3局限性以及未来的机会

1.4生物信息学是关键

1.5下一步将往哪里走

第二部分 新一代测序：通往个性化医疗

2Illumina基因组分析仪Ⅱ系统

2.1文库的制备

2.2簇的创建

2.3测序

2.4配对末端读序列

2.5数据分析

2.6应用

2.7结论

3应用系统生物公司（ABI）SOLiDTM系统：基于连接的测序

3.1引言

3.2SOLiDTM系统概述

3.3SOLiDTM系统应用

3.4结论

4新一代基因组测序：454/Roche GS FLX

4.1引言

4.2技术概述

4.3软件和生物信息学

4.4研究应用

5聚合酶克隆测序：历史、技术及应用

5.1介绍

5.2聚合酶克隆测序的历史

5.3聚合酶克隆测序

5.4应用

5.5结论

第三部分 瓶颈：序列数据分析

6新一代测序（NGS）数据分析

6.1为什么新一代序列分析有所不同？

6.2序列搜索策略

6.3什么是击中，为什么它对NGS十分重要？

6.4记分：为什么NGS的记分不同？

6.5NGS序列分析的策略

6.6后续数据分析

7DNASTAR的新一代软件

7.1个人基因组及个性化医疗

7.2新一代DNA测序——作为个性化基因组学的方法

7.3不同平台的优势

7.4计算机挑战

7.5DNASTAR的新一代软件解决方案

7.6结论

第四部分 新兴测序技术

8实时DNA测序

8.1全基因组分析

8.2个性化医疗和药物基因组学

8.3生物防御、法医、DNA测试和基础研究

8.4简单精巧：实时DNA测序

9使用Z型DNA分子替换的TEM直接测序

9.1引言

9.2方法的逻辑性

9.3优化改良核苷酸鉴定技术进行DNA序列单独聚合的TEM目力分辨率

9.4TEM基板和可视化

9.5利用聚合酶进行Z-标签核苷酸整合

9.6当前和新的测序技术

9.7精度

9.8ZS遗传学公司提出的DNA测序技术的优势

9.9更长读序列的优势

10单分子DNA条形码方法及其在DNA图谱和分子单体型中的应用

10.1引言

10.2单分子DNA条形码方法中的关键技术

10.3单分子DNA图谱

10.4分子单体型

10.5讨论

11光学测序：从图像化的单分子模板采集

11.1引言

11.2光学测序循环

11.3光学测序的展望

12基于微芯片的Sanger DNA测序

12.1基因组学分析的集成微流体装置

12.2Sanger测序微流体器件上网络聚合物的改进

12.3结论

第五部分 新一代测序：真实地整合基因组分析

13应用配对末端双标签多重测序进行转录组和基因组分析

13.1引言

13.2配对末端双标签（PET）分析的发展

13.3利用GIS-PET进行转录组分析

13.4利用ChIP-PET在全基因组上定位转录因子结合位点和表观遗传修饰

13.5利用ChIA-PET在全基因组上鉴定长距离互作

13.6展望

14利用454测序平台研究古基因组学

14.1引言

14.2DNA降解的挑战

14.3DNA降解对古基因组学研究的影响

14.4降解与测序的准确性

14.5样品污染

14.6解决DNA损伤的方法

14.7解决污染的方法

14.8还存在哪些基本问题，将来的前景如何

15ChIP-seq：蛋白质-DNA互作作图

15.1引言

15.2历史

15.3染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）方法

15.4基于双脱氧标签Sanger测序

15.5基于杂交的标签测序

15.6边合成边测序的应用

15.7ChIP-seq的医学应用

15.8挑战

15.9ChIP-seq方法的展望

16新一代测序技术在MicroRNA的发现和表达谱研究中的应用

16.1miRNA的背景介绍

16.2miRNA的鉴定

16.3实验方法

16.4验证

16.5展望

17基于标签的转录组学分析DeepSAGE，优于微阵列

17.1引言

17.2DeepSAGE

17.3数据分析

17.4基于标签的转录组表达谱的比较

17.5表达谱未来的展望

18新基因组学和个人基因组信息：伦理学问题

18.1新基因组学和个人基因组信息：伦理学问题

18.2新基因组学：它的特点是什么？

18.3伦理学的革新：为什么我们需要它？

18.4限制条款：全基因组学和本地伦理学观

18.5医学伦理学和希波克拉底保密性

18.6生物医学伦理学的原则

18.7临床研究和知后同意

18.8大规模研究伦理学：新观念

18.9个人基因组

18.10个人基因组计划：允许信息公开

英汉对照词汇