第一部分 mRNA生物学

1概论

1.1 RNA结构单元

1.2 RNA折叠

1.3 RNA世界假说

1.4 RNA的功能

1.5 RNA发挥作用时所需的蛋白质

参考文献

2 mRNA前体的转录

2.1 蛋白质编码基因的结构与组成

2.2 RNA聚合酶作用下的mRNA转录过程

2.3 mRNA前体的转录终止

2.4 转录过程与其他mRNA成熟过程紧密相连

2.5 总结

思考题

参考文献

3 mRNA前体的5’端加帽

3.1 m7G帽子结构

3.2 mRNA加帽酶

3.3 5’加帽与转录过程偶联

3.4 5’帽子结合蛋白

3.5 总结

思考题

参考文献

4 mRNA前体的3’端加工

4.1 多聚腺苷化信号

4.2 参与mRNA前体3’端加工的蛋白质

4.3 3’端加工修饰与转录终止紧密相连

4.4 交替多聚腺苷化

4.5 胞内多聚腺苷化

4.6 组蛋白mRNA的3’端加工

4.7 总结

思考题

参考文献

5真核mRNA前体的剪切

5.1 Ⅰ、 Ⅱ和Ⅲ类内含子

5.2 mRNA前体的剪切机制

5.3 剪切体

5.4 依赖U12的次要剪切体

5.5 剪切过程与转录和5’加帽过程偶联

5.6 交替剪切和基因组的复杂性

5.7 总结

思考题

参考文献

6 mRNA从细胞核到细胞质的输出

6.1 细胞核输入和细胞核输出

6.2 mRNA输出受体

6.3 作为mRNA与输出受体之间桥梁的转接蛋白

6.4 mRNA输出的机制

6.5 mRNP输出与其他mRNA成熟过程偶联

6.6 总结

思考题

参考文献

7翻译

7.1 氨基酸、mRNA和tRNA

7.2 核糖体

7.3 翻译机制

7.4 翻译调节

7.5 翻译与其他mRNA成熟步骤及质控过程偶联

7.6 总结

思考题

参考文献

8 mRNA的去腺苷化

8.1 去腺苷酶

8.2 总结

思考题

参考文献

9 mRNA的脱帽

9.1 脱帽酶是mRNA脱帽装置的核心

9.2 清除脱帽酶DcpS

9.3 mRNA脱帽反应的调节

9.4 mRNA进行脱帽反应的胞内场所

9.5 总结

思考题

参考文献

10mRNA的衰变途径

10.1 依赖去腺苷化的mRNA衰变

10.2 非依赖去腺苷化的mRNA衰变

10.3 核糖核酸内切酶介导的mRNA衰变

10.4 mRNA衰变的调节

10.5 细菌RNA的降解

10.6 总结

思考题

参考文献

11mRNA质控

11.1 核内mRNA的质控机制

11.2 无义链介导的mRNA衰变（nonsense-mediated mRN A dacay， N M D）

11.3 其他的mRNA质控途径

11.4 总结

思考题

参考文献

第二部分 非编码性RNA生物学

12核糖体RNA与核糖体合成

12.1 核糖体RNA基因的基因组构成

12.2 核糖体RNA基因的转录

12.3 rRNA的成熟

12.4 核糖体亚基的组装

12.5 核糖体亚基的核输出

12.6 rRNA的修饰、结构及功能

12.7 总结

思考题

参考文献

13转运RNA

13.1 tRNA基因在基因组上的构成及其转录

13.2 成熟tRNA的加工

13.3 tRNA修饰

13.4 tRNA的核输出

13.5 tRNA的三级结构

13.6 总结

思考题

参考文献

14 7SLRNA与信号识别颗粒

14.1 SRP结构

14.2 SRP介导的蛋白质易位

14.3 总结

思考题

参考文献

15 7SK snRNA的转录调控

15.1 7SK snRNA的结构

15.2 7SK snRNP的转录调节作用

15.3 其他十扰转录过程的非编码性RNA

15.4 总结

思考题

参考文献

16小核仁RNA

16.1 snoRNA的基因组结构及其转录

16.2 H/ACA snoRNA

16.3 C/D snoRNA

16.4 功能性snoRNP的成熟过程

16.5 孤儿snoRNA

16.6 端粒酶RNP

16.7 总结

思考题

参考文献

17剪切体小核RNA

17.1 snRNA的转录及成熟

17.2 U snRNP的结构

17.3 剪切体snRNP的组装

17.4 总结

思考题

参考文献

18小非编码性RNA及基因沉默机制

18.1 短链干扰RNA及RNA干扰机制

18.2 Dicer

18.3 依赖RNA的RNA聚合酶

18.4 Argonaute蛋白

18.5 微小RNA（microRNA，miRNA）与基因的表达调控

18.6 piRNA及其在生殖系统中对可移动遗传元件的调节

18.7 具有调节染色质功能的小RNA

18.8 CRISPR系统——细菌和古生菌的防御机制

18.9 总结

思考题

参考文献

19长链非编码性RNA

19.1 XIST非编码性RNA基因与X染色体失活

19.2 果蝇的剂量补偿现象

19.3 非编码性RNA与印记调控

19.4 长链非编码性RNA对HOX基因的调节

19.5 长链非编码性RNA在复杂的基因组中普遍存在

19.6 总结

思考题

参考文献

20 RNA编辑

20.1 尿嘧啶（U）插入或删除的RNA编辑

20.2 碱基修饰的RNA编辑

20.3 总结

思考题

参考文献

21核酶——催化性RNA分子

21.1 催化性RNA的鉴定

21.2 不同核酶的作用机制及其二级结构

21.3 总结

思考题

参考文献

22 RNA传感器和核开关

22.1 核开关的作用机制

22.2 核开关的结构

22.3 热敏RNA（RNA thermometers）

22.4 总结

思考题

参考文献

23 RNA组学

23.1 “组学”方法

23.2 RNA表达分析方法

23.3 RNA生物学与基因组的复杂性

23.4 总结

思考题

参考文献

附录 思考题答案

第2章

第3章

第4章

第5章

第6章

第7章

第8章

第9章

第10章

第11章

第12章

第13章

第14章

第15章

第16章

第17章

第18章

第19章

第20章

第21章

第22章

第23章