第1章 生物标志物的发现：实验设计和实施

1.1 引言

1.2 定义

1.3 生物标志物发现的现状

1.4 实验设计和实施

1.5 实验设计过程的差错

1.6 实验实施过程的误差

1.7 蛋白质生物标志物的特异性

1.8 数据统计分析

1.9 建议

1.10 结论和展望

致谢

参考文献

第2章 基于蛋白质组学和质谱技术的生物标志物的发现

2.1 引言

2.2 蛋白质生物标志物的发现和发展原则

2.3 蛋白质组学样品制备

2.4 蛋白质的质谱鉴定

2.5 翻译后修饰疾病生物标志物

2.6 蛋白质的质谱定量分析

2.7 生物标志物的确认

2.8 生物标志物的验证

2.9 基于质谱的蛋白质生物标志物发现的局限性

2.10 结论和展望：整合的生物标志物发现平台

参考文献

第3章 蛋白质组学分析组织样本前处理方法

3.1 引言

3.2 基于质谱的蛋白质组学研究可使用的组织样本类型

3.3 组织样本裂解/均质化

3.4 萃取

3.5 结论

致谢

参考文献

第4章 代谢组学中生物体液和组织样本前处理技术

4.1 引言

4.2 代谢组学中理想的样本前处理技术

4.3 生物体液样本前处理方法

4.4 组织样本代谢组学

4.5 代谢组学中样本前处理新发展趋势

4.6 结论和展望

致谢

参考文献

第5章 血样样本采集：分析前变量和标准操作规程

5.1 引言

5.2 分析前变量的重要性

5.3 标准操作规程

5.4 样本选择原则

5.5 人血液样本及其成分

5.6 其他生物样本

5.7 血源性病原体，全面性防护措施和安全性

5.8 受试者保护

5.9 结论

参考文献

第6章 基于核磁共振的生物标志物发现方法

6.1 引言：为什么使用核磁共振？

6.2 核磁共振硬件进展

6.3 核磁共振分析的样品前处理

6.4 一维核磁共振方法：氢谱、碳谱和磷谱

6.5 二维核磁共振方法

6.6 靶向代谢指纹图谱

6.7 高分辨魔角旋转核磁共振

6.8 磁共振光谱

6.9 数据处理和预处理

6.10 核磁共振的代谢物鉴定

6.11 未来的方向和结论

参考文献

第7章 在不分馏的情况下使用数据独立采集的质谱扩展检测动态范围

7.1 引言

7.2 PAcIFIC和定量分析

7.3 用PAcIFIC进行蛋白质组分析

7.4 展望

参考文献

第8章 基于气相色谱/质谱的代谢组学研究

8.1 引言

8.2 气相色谱/质谱在代谢组学研究中的应用

8.3 大规模代谢组调查的策略

8.4 结论和展望

参考文献

第9章 基于液相色谱/质谱的代谢组学研究

9.1 引言

9.2 代谢组学指纹图谱的色谱方法

9.3 检测

9.4 质控、数据分析和生物标志物检测

9.5 代谢物鉴定和生物标志物确认

9.6 结论

参考文献

第10章 基于毛细管电泳/质谱的蛋白质组学和代谢组学研究

10.1 使用毛细管电泳/质谱分析代谢物指纹图谱

10.2 使用毛细管电泳/质谱分析蛋白表达水平

10.3 结论

致谢

参考文献

第11章 凝胶电泳法在低丰度蛋白标志物筛查中的应用进展

11.1 引言

11.2 2-DE在蛋白质组学中的应用进展

11.3 单独使用2-DE无法实现低丰度蛋白的筛查

11.4 增强低丰度蛋白

11.5 2-DE用于蛋白标志物的发现及低丰度蛋白的富集

11.6 结论

章后记

致谢

参考文献

第12章 基于二维差异凝胶电泳途径的生物标志物发现

12.1 引言

12.2 凝胶电泳：发展历史

12.3 二维差异凝胶电泳

12.4 二维聚丙烯酰胺凝胶电泳和二维差异凝胶电泳的优缺点

12.5 二维差异凝胶电泳在生物标志物发现中的应用

12.6 结论

致谢

参考文献

第13章 基于亲和定向实验的生物标志物发现

13.1 引言

13.2 亲和定向研究方法

13.3 单一基因表达产品选择

13.4 翻译后修饰

13.5 丰度蛋白去除

13.6 结论

参考文献

第14章 微波辅助天冬氨酸选择性蛋白酸水解

14.1 引言

14.2 天冬氨酸选择性蛋白酸水解

14.3 微波辅助天冬氨酸选择性蛋白酸水解

14.4 基于微波辅助酸水解技术的方法开发

14.5 微波辅助蛋白酸水解的应用

14.6 微波辅助天冬氨酸选择性酸水解方法的优劣性

参考文献

第15章 生物标志物发现的样本消耗、分级分离和富集

15.1 引言

15.2 消耗

15.3 蛋白质和代谢产物的分级分离程序

15.4 亲和色谱法

15.5 等电聚焦法

15.6 体积排阻色谱

15.7 结论

参考文献

第16章 蛋白和代谢物的鉴定

16.1 蛋白的鉴定

16.2 全代谢组学中代谢物的鉴定

参考文献

第17章 疾病相关蛋白质生物标志物的定量蛋白质组学发展

17.1 引言

17.2 蛋白质生物标志物发现的定量蛋白质组学分析

17.3 候选生物标志物的靶向蛋白质组学验证

17.4 分析物的复杂度和样品通量

17.5 结论

致谢

参考文献

第18章 基于质谱和核磁共振的定量代谢组学

18.1 代谢组学

18.2 化学计量学分析与定量代谢组学的比较

18.3 质谱

18.4 核磁共振

18.5 结论

参考文献

第19章 代谢组学和蛋白质组学数据的多元分析

19.1 引言

19.2 研究1：通过蛋白质组学检测癌症

19.3 研究2：通过代谢组学检测心脏病

19.4 结论

参考文献

第20章 用于蛋白质分子诊断和生物标志物发现的自上而下的质谱技术

20.1 引言

20.2 自上而下的质谱仪硬件

20.3 样品制备和分离

20.4 信息学

20.5 研究现状

20.6 结论

参考文献

第21章 蛋白-蛋白交互网络在潜在生物标志物识别和表征中的作用

21.1 引言

21.2 使用蛋白-蛋白交互作用的网络分析

21.3 蛋白-蛋白交互作用数据库

21.4 检验蛋白-蛋白交互作用的常见实验方法

21.5 背景问题的处理

21.6 结论

参考文献

第22章 反相蛋白芯片技术：临床研究领域进展

22.1 引言

22.2 反相蛋白芯片的起源

22.3 临床分子肿瘤学的RPMA

22.4 通过RPMA验证由质谱发现的候选生物标志物

22.5 结论与展望

参考文献

第23章 自身抗体和生物标志物的发现

23.1 引言

23.2 自身抗体检测的蛋白质组学方法

23.3 自身抗体与疾病阶段的关系

23.4 挑战与未来的发展

参考文献

第24章 微小核糖核酸及生物标志物的发现

24.1 引言

24.2 miRNA的生物学基础、功能和检测

24.3 miRNA生物标志物发现研究实例

致谢

参考文献

第25章 组织中完整生物分子的质谱成像

25.1 引言

25.2 基质应用

25.3 蛋白质分析

25.4 多肽和蛋白质的消解

25.5 脂类分析

25.6 药物分析

25.7 3D成像

25.8 快速成像

25.9 结论和展望

致谢

参考文献

第26章 基于质谱的蛋白质生物标志物的确认方法

26.1 引言

26.2 用于蛋白质定量的MRM-MS

26.3 用于生物标志物验证的MRM-MS实验性能特征

26.4 提高生物标志物验证的样本富集策略

26.5 提高生物标志物验证的基于质谱的策略

26.6 使用稳定同位素作为内标物

26.7 MRM-MS实验和生物标志物验证的生物信息学软件

26.8 基于MRM-MS的选定生物标志物验证的应用

26.9 结论和展望

致谢

参考文献

第27章 用于生物标志物发现的代谢物质谱数据处理

27.1 代谢组学生物标志物的发现

27.2 基于质谱分析法的代谢组学

27.3 靶向和非靶向策略

27.4 数据处理

27.5 变量选择

27.6 数据建模

27.7 模型验证

27.8 结论

参考文献

第28章 分析方法和生物标志物的验证

28.1 引言

28.2 讨论

28.3 实验设计与操作

28.4 生物标志物的识别和确认

28.5 生物标志物的验证

28.6 结论

参考文献

索引