第一章 自噬与免疫

1.1 前言

1.2 自噬

1.2.1 自噬的类型

1.2.2 形态学

1.2.3 分子机制

1.2.4 生理功能

1.3 自噬和免疫

1.3.1 异自噬：细胞内微生物的自噬性清除

1.3.2 自噬和隐肽

1.3.3 自噬与模式识别受体（pattern recognition receptors，PRRs）

1.3.4 自噬与MHC抗原递呈

1.3.5 免疫信号分子的自噬调节

1.3.6 自噬、炎症和自身免疫

1.4 结论

第二章 自噬的研究技术

2.1 前言

2.2 研究自噬的试剂和工具

2.2.1 检测LC3-Ⅱ溶酶体流的试剂

2.2.2 自噬诱导剂

2.2.3 用于抑制自噬的试剂及重组工具

2.3 免疫印记方法检测LC3-Ⅰ和LC3-Ⅱ

2.4 免疫荧光方法分析内源性LC3

2.5 利用带荧光标签的LC3检测自噬

2.6 使用电镜对自噬小体及自噬溶酶体进行形态学分析

2.6.1 试剂或储备溶液

2.6.2 细胞颗粒及微生物的树脂包埋

2.6.3 对生长在玻璃瓶和塑料盖玻片上的细胞进行平面嵌入

2.7 免疫电镜技术

第三章 自噬对体内DNA病毒感染的作用

3.1 概述

3.2 在植物和无脊椎动物体内自噬与DNA病毒的相互作用

3.3 在脊椎动物体内自噬与DNA病毒的相互作用

3.3.1 自噬是一种必要的抗病毒机制，能保护机体不感染HSV-1

3.3.2 自噬与HBV在体内的相互作用：病毒利用和肿瘤抑制之间的平衡

3.3.3 自噬可能抑制γ-疱疹病毒的持续感染

3.4 结论

第四章 RNA病毒与体内自噬的研究

4.1 简介

4.2 植物及无脊椎动物体内RNA病毒与自噬的相互作用

4.2.1 植物

4.2.2 无脊椎动物

4.3 脊椎动物体内自噬与RNA病毒之间的相互作用

4.3.1 披膜病毒科

4.3.2 杯状病毒科

4.3.3 正黏病毒科

4.3.4 黄病毒科

4.3.5 小RNA病毒科

4.4 结论

第五章 自噬与小RNA病毒的感染

5.1 简介

5.2 选择性自噬与自噬受体和LC3相互作用的区域相关

5.3 病毒感染激活自噬

5.4 小RNA病毒和自噬

5.4.1 脊髓灰质炎病毒

5.4.2 柯萨奇病毒

5.4.3 人肠道病毒71

5.4.4 脑心肌炎病毒

5.4.5 口蹄疫病毒

5.4.6 人鼻病毒

5.5 有关解释自噬诱导的LC3点聚集和DMVs的注意事项

5.5.1 LC3点聚集

5.6 结论与展望

第六章 黄病毒与自噬

6.1 简介

6.1.1 自噬

6.2 黄病毒

6.3 登革热病毒

6.3.1 自噬是否是复制的平台

6.3.2 脂质代谢调节

6.3.3 自噬相关蛋白USP10和USP13在DENV病毒颗粒成熟过程中的作用

6.3.4 细胞保护性的自噬

6.3.5 自噬在ADE单细胞感染的模型中作用

6.3.6 DENV感染小鼠后的自噬

6.4 其他黄病毒

6.4.1 日本脑炎病毒

6.4.2 莫多克病毒

6.4.3 西尼罗病毒

6.5 结论

第七章 自噬：丙肝病毒重组之源

7.1 简介

7.1.1 自噬

7.1.2 丙型肝炎病毒（HCV）基因组、复制及其引起的疾病

7.2 HCV诱导促病毒性自噬

7.3 HCV如何触发胞质囊泡积聚

7.4 自噬引起的动态膜重排

7.5 自噬与固有免疫反应互联

7.6 自噬与细胞死亡

7.7 通过自噬排除异常的沉淀及细胞器：慢性HCV对肝损伤的影响

7.7.1 自噬与脂质新陈代谢

7.7.2 线粒体自噬与HCV持续感染

7.8 结论及展望

第八章 调节自噬以治疗人类Ⅰ型免疫缺陷病毒

8.1 介绍

8.2 HIV利用自噬促进自身复制

8.3 HIV在感染过程中抑制自噬，诱导细胞自噬可抑制HIV感染

8.4 HIV诱导CD4＋T细胞自噬

8.5 对自噬的调节是引起HIV相关神经认知损伤的一种机制

8.6 如何利用自噬控制和清除HIV病毒

第九章 感染细胞内的自噬现象：来源于致病菌的理解认识

9.1 前言

9.2 细胞自噬和细菌的相互作用

9.2.1 鼠伤寒沙门菌

9.2.2 结核分枝杆菌

9.2.3 嗜肺军团菌

9.2.4 单核细胞增多性李斯特菌

9.2.5 志贺杆菌

9.2.6 海洋性结核菌

9.3 结论

第十章 Rab蛋白在自噬中的作用：链球菌模型

10.1 绪论

10.2 Rab GTP酶

10.3 Rab GTP酶参与饥饿诱导的自噬

10.4 Rab蛋白在链球菌感染自噬中的定位

10.5 Rab7参与了GcAV形成的起始

10.6 Rab23是GcAV形成的必备条件

10.7 Rab9A促进GcAV增大及与溶酶体的融合

10.8 结论与展望

第十一章 自噬控制的幽门螺杆菌感染

11.1 幽门螺杆菌

11.2 幽门螺杆菌及其逃逸宿主免疫应答

11.3 自噬

11.4 急性幽门螺杆菌感染：胃上皮细胞中诱导自噬

11.5 慢性幽门螺杆菌感染：在胃上皮细胞中抑制自噬

11.6 幽门螺杆菌在免疫细胞中诱导的自噬

11.7 宿主遗传学影响幽门螺杆菌被自噬的清除

11.8 幽门螺杆菌破坏自噬和胃癌

11.9 幽门螺杆菌的治疗：自噬是竞争者吗？

11.10 结论

第十二章 沙门菌和自噬系统的相互作用

12.1 概述

12.2 沙门菌在宿主内的生命周期

12.3 沙门菌在恶劣的细胞内环境中的存活

12.4 研究沙门菌感染的模型

12.5 沙门菌自噬的机制

12.5.1 沙门菌是抗细菌自噬的靶点

12.5.2 抗细菌自噬的诱导

12.5.3 抗细菌自噬中的吃掉我（eat-me）信号

12.5.4 自噬受体具有特异性

12.6 体内实验沙门菌的自噬

12.7 细菌的反抗策略

12.7.1 沙门菌能抵抗自噬作用吗？

12.7.2 潜在的自噬回避机制

12.7.3 SseL将自噬靶向蛋白聚合体去泛素化

12.7.4 沙门菌抑制选择性的抗细菌自噬吗？

12.8 展望

第十三章 自噬抗刚地弓形虫的宿主因素

13.1 前言

13.2 CD40自噬和溶酶体对刚地弓形虫的降解

13.3 参与刺激自噬的CD40下游事件

13.4 体内感染刚地弓形虫的自噬相关性

13.5 刚地弓形虫感染中的TFN-γ和ATG5

13.6 刚地弓形虫操纵宿主细胞信号抑制LC3结构的靶定并保持纳虫泡的非融合性

13.7 刚地弓形虫体内自噬机制

13.8 结论

第十四章 结核分枝杆菌和自噬通路

14.1 结核分枝杆菌是一种存活于自己裁制的间隔区域以逃避宿主免疫细胞消灭的病原体

14.2 ESX-1分泌系统

14.3 海分枝杆菌是结核分枝杆菌的近亲，其在细胞质中逃避消灭并形成肌动蛋白尾

14.4 分枝杆菌调控自噬

14.5 结核分枝杆菌，一种可以逃入细胞浆的病原体

14.6 结论

第十五章 自噬增强卡介苗的免疫功效

15.1 前言

15.2 在巨噬细胞和树突状细胞中通过mTOR诱导的自噬增强了通过MHC-Ⅱ通路的抗原呈递

15.2.1 雷帕霉素诱导的自噬增强APCs中的抗原呈递

15.2.2 雷帕霉素和Torin1诱导的自噬增加BCG感染的APCs的抗原呈递和IL-1β分泌

15.3 特定BCG疫苗自噬路径、分泌性Ag85B进入自噬体过程以及增强MHC-Ⅱ介导的抗原呈递的细胞内机制

15.3.1 卡介苗中分泌Ag85B的过表达导致APCs胞浆内的聚集小体形成

15.3.2 卡介苗过表达的Ag85B形成聚集小体，其通过自噬增强抗原呈递

15.3.3 讨论：自噬与抗原递呈的体外研究

15.4 雷帕霉素激活树突状细胞增强DC-BCG疫苗的功效

15.4.1 讨论

15.5 对小鼠合用雷帕霉素和BCG增强CD4＋和CD8＋T细胞介导的结核病预防作用

15.5.1 讨论

15.6 结论

第十六章 综述：自噬在固有免疫和适应性免疫中的作用

16.1 自噬：殊途同归？

16.2 异自噬：一个自相残杀的世界

16.3 自噬与Toll样受体：互相启动

16.4 自噬与抗原递呈：呼救清除病原入侵者

16.5 自噬和炎性小体：互相调控达到高效免疫应答

16.6 自噬和细胞因子间交互作用

第十七章 自噬在针对病毒免疫应答中的作用

17.1 针对病毒的固有免疫

17.2 自噬在抗病毒固有免疫中的作用

17.2.1 识别病毒及自噬诱导

17.2.2 自噬在病毒异自噬中的作用

17.2.3 自噬在抗病毒固有免疫信号传导中的作用

17.3 病毒操控自噬抵制固有免疫

17.3.1 病毒操控自噬阻止IFN-1合成

17.3.2 病毒破坏自噬而干扰炎性反应

17.3.3 病毒感染过程中的自噬和细胞死亡

17.4 自噬在抗病毒适应性免疫中的作用

17.4.1 自噬促进病毒感染的适应性免疫应答

17.4.2 MHC-Ⅱ限制的病毒抗原表位的递呈

17.4.3 MHC-Ⅰ限制性抗原表位的递呈

17.4.4 自噬与交叉递呈

17.5 病毒控制自噬逃逸适应性免疫

17.5.1 MHC-Ⅱ抗原递呈通路

17.5.2 MHC-Ⅰ抗原递呈通路

17.5.3 自噬和抗原递呈细胞功能

17.6 结论

第十八章 自噬相关胞吞、胞吐和胞浆降解后的抗原加工与MHC递呈

18.1 前言

18.2 巨自噬的底物识别

18.3 通过巨自噬的MHC-Ⅱ递呈的抗原加工

18.4 巨自噬在MHC-Ⅰ抗原递呈中的作用

18.5 通过自噬相关胞吐释放抗原

18.6 自噬协助的吞噬

18.7 结论和展望

术语（中英文对照）